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多组学分析相关期刊直播_修改原始数据会被发现吗(2024年12月全新视觉)

内容来源：安定传媒所属栏目：导读更新日期：2024-12-03

多组学分析相关期刊

「西西相关」近日，国际著名期刊《自然通讯》在线发表了学校资源环境学院植物营养与调控团队的研究论文《多组学分析揭示磷缺乏条件下油菜侧根与内生菌的相互作用》[心] 该研究揭示了油菜根系微环境响应低磷土壤胁迫新机制，为提高农业中磷的利用效率和减少作物对磷肥的依赖提供了潜在的策略，为作物有益菌肥的开发提供了良好的技术支撑[加油] 和小西一起向研究团队学习吧～论文链接：网页链接

耶鲁大学HIV研究揭示细胞表观遗传特征耶鲁大学的研究团队在Immunity期刊上发表了一篇关于HIV治愈的论文，这项研究在今年CROI会议上被广泛报道。研究团队利用多组学分析方法，深入研究了6名HIV感染者在接受抗病毒治疗后病毒载量检测不到的患者的HIV储藏库细胞。这些细胞主要存在于静息CD4 T细胞中，通过转录因子、细胞蛋白、转录组以及HIV DNA和RNA的分析，揭示了储藏库细胞的生物学特征。研究发现，储藏库细胞的转录因子RORC表达上调，而转录活跃的HIV感染CD4 T细胞中IRF和AP-1的表达也显著增加。此外，转录活跃的细胞中与细胞增殖相关的蛋白IKZF3、IL21、BIRC5和MKI67也显著上调。无论是储藏库细胞还是转录活跃的细胞，IKZF3的表达都增加，这有助于促进细胞增殖。这项研究还发现，HIV感染细胞的表观遗传学具有周期性，这与CD4 T细胞的功能表现出一致性。激活后的细胞毒性T细胞效应后，细胞进入死亡阶段（IRF - cytotoxic - AP-1 - cell death）。通过这些发现，研究团队揭示了潜伏和转录活跃的HIV感染细胞的单细胞表观遗传、转录和蛋白质表达特征，以及促进HIV持续感染的细胞程序。这项研究为HIV治愈提供了新的研究方向和实验依据，有望为未来的治疗策略提供新的思路。

医学影像与深度学习结合的创新方向𐟔劦œ€近，一些想要入门影像组学的同学找到了我，其中包括一些对医学不太了解的计算机学生，也有一些对深度学习不太熟悉的影像学学生。我发现很多导师让学生自学，缺乏具体的指导。因此，我想分享一些关于如何找到创新点的想法。 𐟔 特征提取与定义利用深度学习技术提取更复杂的特征，这些特征可能更好地反映肿瘤的生物学性质。例如，开发新的特征提取算法也是一个重要的创新点。 𐟕’ 加入时间序列分析关注随时间变化的影像特征，通过分析治疗前后影像特征的变化，可以评估患者对治疗的反应。 𐟒ᠦ𗱥𚦥�𙠧𓕥ˆ›新最新的深度学习技术可以帮助我们构建更加智能和高效的预测模型。引入强化学习等新兴算法，可以让模型在处理实际临床数据时更具适应性，提高模型的可解释性也是非常重要的一步。 𐟓š 多种数据源如果数据充足，整合不同类型的影像数据，如CT、MRI和PET，甚至是基因组和病理相关的资源和数据，进行多模态数据融合也是一个非常好的方式。大家有没有发现，传统的生信分析、传统机器学习预测和传统影像组学套路，似乎都不太好过审了。我建议如果没有好的数据和idea的同学，可以考虑深度学习交叉医学影像，投临床类期刊，目前还是发文的热门方向𐟙‹。

【新研究提升酵母脂质合成能力】　　科技日报兰州11月18日电（记者颉满斌）18日，记者从中国科学院近代物理研究所获悉，该所科研团队与兰州理工大学合作，运用重离子辐射和基因编辑等相关技术，结合多组学分析，对酵母代谢途径进行了精准优化，有效提升了其脂质合成能力。相关成果发表在国际期刊《通讯生物学》上。　　微生物诱变育种技术是获取优良突变体的重要手段之一。尽管重离子辐射的诸多优势使其较传统诱变技术更容易获得优良突变体，但诱变技术普遍存在的随机性限制了育种效率。酵母作为一种重要的微生物，广泛应用于食品、药品和生物燃料的生产中，其最有价值的能力之一就是合成脂质。　　脂质是一类在生物燃料、营养补充剂和化妆品等领域广泛应用的高价值化合物。例如，从酵母中提取的脂质因含有有益的脂肪酸，可以用作可再生燃料来源或保健品的成分。　　酵母脂质合成的关键因素之一是乙酰辅酶A，这一重要前体充当着脂质分子的“原材料”，是脂质合成必不可少的物质。然而，传统的代谢途径限制了乙酰辅酶A的有效供应和脂质积累，这让脂质的产量不够高。　　为了增加脂质合成量，研究团队利用重离子辐射和基因编辑等相关技术优化了酵母代谢途径，提高了乙酰辅酶A的供应效率，使酵母能够生产更多的脂质。　　科研人员利用兰州重离子加速器对酵母进行重离子辐射处理，结合多组学方法识别并验证了与脂质代谢相关的关键基因ALD4。通过基因编辑技术上调ALD4核心代谢中间产物的代谢通量，科研人员有效增加了脂质合成所需前体乙酰辅酶A的供应，使乙酰辅酶A水平较之前提高了17.10%，从而显著提高了酵母在合成脂类和其他高附加值化合物方面的产量。来源：科技日报 #鸭绿江畔丹东真好##有一种美好叫辽宁##振兴新突破辽宁杠杠滴#

【绿会专家在《BMC Biology》知名期刊发表科学论文 | 《穿山甲鳞片对病原体先天免疫的适应性》】近日，中国生物多样性保护与绿色发展基金会（简称绿会）的专家团队，包括英国皇家生物学会会士、温州肯恩大学理工学院教授及国际穿山甲研究联盟创始人兼首席研究员朱绍和（Choo Siew Woh）博士，以及世界艺术与科学院（WAAS）院士周晋峰等，近日在《BMC Biology》杂志上发表了一篇题为《穿山甲鳞片对病原体先天免疫的适应性》的科学论文。该论文摘要指出，#穿山甲# 作为唯一一种身体覆盖鳞片的哺乳动物，在生态系统、生物研究以及人类健康和疾病研究中具有至关重要的作用。尽管已有研究表明穿山甲鳞片可能为其提供重要的机械防御，但这种独特特征的起源和确切功能仍是个谜。本文采用多组学分析方法，提出了一种新的功能解释：即哺乳动物鳞片如何为宿主提供针对病原体的防御机制。这项研究不仅颠覆了人们对穿山甲鳞片传统认知，更为生物医学和仿生学领域带来了全新的启示。《BMC Biology》是由BioMed Central出版的国际一流生物学期刊，主要刊载生物学相关领域的研究成果与实践，旨在打造高学术水平、强可读性和全球影响力的学术期刊，并已入选SCIE来源期刊。全文浏览地址：文/Cherry 审/ZSH、Sophia

「艾滋病超话」《Med》：感染艾滋的非进展者（VNPs）即使不治疗CD4也不会降 HIV感染者中的病毒血症非进展者（VNPs）即使不进行抗逆转录病毒治疗（ART），病毒载量很高，CD4+T细胞计数也能长时间不下降。最近，IrsiCaixa艾滋病研究所在《医学（Med）》期刊上发表的一项多组学分析揭示了一现象的部分原因，或可为HIV的治疗提供新途径。VNP极为罕见，在成年HIV感染者的占比不到0.1%。自1987年推行以来，ART已将人类免疫缺陷病毒（HIV）从致命疾病转变为可控疾病。尽管治疗取得了进展，但仍有数百万人在努力实现不完全的免疫恢复。与HIV/AIDS进展者不同，VNPs在没有ART的情况下，即使在高病毒载量的情况下，也会在很长一段时间内保持相对稳定的CD4+T细胞计数。而这可能为治疗提供新的途径。研究人员对16个VNP和29个进展者进行单细胞和多组学分析后发现，宿主遗传和免疫因素促使VNPs逃避HIV-1发病机制。病毒血症非进展性组学观察①与进展者（16.0%）相比，VNP更有可能携带一个缺失2的CCR5基因拷贝和一个缺失的CCR5拷贝（53.8%杂合性）。注：HIV通常使用CD4+T细胞进入细胞，CCR52变体降低了CD4+T细胞上CCR5受体的表达。携带这种变体的个体在其细胞中表现出较低的CCR5表达和较低的HIV-1感染率。②在开始ART之前，VNPs的外周血单核细胞（PBMCs）和各种CD4+T细胞亚群中的HIV-1 DNA总水平和完整水平显著降低。这也表明在细胞水平上对HIV感染有一定的保护作用。③与进展者相比，VNP具有更高比例的“幼稚”CD8+T细胞和更少的活化记忆CD8+T细胞。通过避免慢性免疫系统激活和过度细胞死亡，VNP能够维持更健康的功能性免疫系统，基本上忽略了HIV复制水平的变化。注：幼稚的CD8+T细胞尚未遇到抗原（任何引发免疫反应的东西）；记忆CD8+T细胞是成熟的版本，以前遇到过抗原，如果被重新对抗，会产生免疫反应。VNPs的CD4+T细胞凋亡水平也较低。④单细胞RNA测序显示，VNPs在多种免疫细胞类型中表现出干扰素刺激基因的广泛下调。注：干扰素是细胞在病毒感染时产生的蛋白质，它向邻近细胞发出信号，以增强其抗病毒防御能力。这种效应发生在各种免疫细胞中，包括髓系细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞和NK（自然杀伤）细胞。⑤测量结果显示，VNP的连蛋白水平较低，这是一种指示肠道粘膜破坏的标志物，意味着比进展者更好的肠道完整性。⑥代谢组学分析显示，VNPs的邻氨基苯甲酸水平较低，邻氨基苯酸是色氨酸降解的副产物，与HIV疾病进展中的免疫激活和CD4+T细胞耗竭有关。⑦研究表明，通过保持较低水平的免疫系统激活，VNPs可以避免慢性炎症和免疫衰竭的不利影响。反过来，免疫功能的保护使VNP能够在不进行ART的情况下防止HIV进展为AIDS。在弄清楚这一小群人的自然保护机制后，研究人员现在有了一个成功的模型，未来可以据此设计干预措施，更大范围的恢复HIV社区的免疫功能。更多信息: のgel Bay㳮-Gil et al, Host genetic and immune factors drive evasion of HIV-1 pathogenesis in viremic non-progressors, Med (2024). DOI: 10.1016/j.medj.2024.09.007-

医工交叉AI科研：远程招生，探索未知领域 𐟌Ÿ 探索医工交叉AI科研的奇妙世界，我们邀请你一起踏上这段旅程！ 𐟔 研究方向：医学影像、病理组学、眼科诊断、医疗机器人、医疗文本、大模型等。 𐟓š 如果你有学习时间，但不知道如何规划，我们愿意为你提供个性化的学习路径。 𐟒ᠦ— 论你有无基础，只要你对AI科研充满热情，我们都有适合你的项目。 𐟑袀𐟎“ 我们的老师拥有丰富的科研背景，专注于计算机视觉、语义分割、自动驾驶感知、遥感图像处理和医学图像分析等领域。 𐟏�œ襛𝥆…多个大厂担任研究员，积累了丰富的业界经验。 𐟓 学术成就：以第一作者在CCFAVB类期刊会议（如IEEE CVPR, ICASSP, ECCV）和一区二区期刊（如IEEE Transactions on Image Processing, IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing）发表论文多篇。 𐟓ˆ 共发表论文20余篇，包括ICPR, IEEE Geoscience and Remote Sensing Letters等。 𐟓œ 担任CVPR、ECCV、AAAI、IJCAI、ACM MM、TCSVT、TGRS、ICASSP、ICPR等会议和期刊的审稿人。 𐟓‘ 拥有多项专利和软件著作权。 𐟑袀𐟏렦ˆ‘们的老师拥有丰富的辅导经验，短期一年内帮助多位成员发表超过10篇论文，包括TPAMI、CVPR、TGRS、ICME、PR、Information Science、ICASSP等。 𐟒ꠦˆ‘们拥有强大的科研技能、写作技能和培训技能，助力你在医工交叉AI科研领域取得突破。 𐟌 加入我们，一起探索未知领域，开启你的科研之旅！

深度学习与传统影像组学的完美结合 𐟌Ÿ 最近有朋友告诉我，深度学习和影像学的结合越来越常见了。很多文章都在探讨这种结合的方式，甚至有些二区及以上的期刊也发表了类似的研究。这种结合方式不仅能够提取更全面的影像组学特征，还能通过机器学习分类器进行更准确的预测。 𐟓Š 具体来说，深度学习可以提取出影像中的一些高级特征，而传统影像组学方法如列线图和Cox回归则可以提供更多的临床信息。将这两种方法结合起来，可以使得提取的特征更加全面和详细，理论上预测效果也会更好。 𐟒ᠨ🙧獨”合使用的方法不仅在学术研究中有价值，在临床实践中也非常有应用前景。通过深度学习和传统影像组学的结合，我们可以更好地理解和分析影像数据，为患者提供更准确的诊断和治疗方案。 𐟔 总的来说，深度学习和传统影像组学的结合是一种非常有前景的研究方向。希望未来能有更多的研究者在这方面进行探索和创新，为医学领域带来更多的突破和进步。

西大本科生，共一作《细胞》论文 11月12日，西北大学生命科学学院的首届华大创新班毕业生姚佳俊，在本科联合培养期间参与的华大生命科学研究院研究项目取得了重大成果。他们的研究以共同第一作者的身份在国际顶级生物学期刊《细胞》（Cell）在线发表，论文题目为“Spatiotemporal modeling of molecular holograms”。西北大学作为共同第一作者单位，与华大生命科学研究院、斯坦福大学医学院等机构合作研究，共同开发了三维时空建模工具包Spateo。这项研究借鉴了物理学、地理学、经济学等多个跨学科领域的数学模型，开创性地开发了Spateo工具包。这个工具包能够精细地重构器官的三维结构，系统地量化时空动态过程，标志着时空组学研究迎来了革新性突破。该工具包可以全面支撑胚胎发育、脑科学、疾病等领域的研究，为实现高精度时空生命全景观研究迈出了极为关键的一步。在这项成果中，姚佳俊和研究团队开发了Spateo的3D时空建模框架，并将其成功应用于E9.5和E11.5的3D小鼠胚胎发生图谱的绘制，捕获了高达800万个细胞的数据，为胚胎发育研究提供了宝贵的资源。姚佳俊主要负责3D模型的生成、形态测量与体积分析、形态学骨架构建、形态发生预测以及开发Spateo-viewer可视化工具。

【科研进展】赵方庆团队揭示自闭症谱系障碍中脂质组紊乱对肠脑轴交互的影响自闭症谱系障碍（ASD）是一种由遗传和环境因素共同作用引起的神经发育疾病，其核心症状包括社交障碍和重复刻板行为。近年来，研究表明ASD患者的胃肠道功能异常尤为显著。脂质在神经发育中起着关键作用，且在ASD的肠脑轴交互中具有重要意义。然而，脂质变化及其与ASD表型的关系仍有待深入探讨。 2024年10月2日，中国科学院动物研究所赵方庆团队在Gut期刊发表了题为Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics的研究论文。这项研究系统揭示了Chd8突变ASD小鼠的多种器官组织中的脂质组异常，结合多组学技术及膳食干预，深入挖掘了脂质紊乱与ASD表型之间的关联，为脂质在ASD的诊断和治疗中的潜在应用提供了新见解。该研究采用Chd8突变小鼠模型，重点分析了脑、血清、肠道、肝脏和肠道内容物等五种组织中的脂质组。与野生型小鼠相比，HET小鼠在这些组织中均表现出显著的脂质变化，特别是在神经酰胺磷酸乙醇胺（PE-ceramides）和羟基/羰基脂肪酸等脂质中。通过对肠道内容物的分析，研究发现这些脂质变化与肠道微生物群落的变化高度相关，如拟杆菌和乳杆菌丰度的波动，这揭示了肠道微生物在脂质代谢调节中的关键作用。此外，单细胞转录组数据进一步解释了肠道和脑组织中脂代谢相关基因的表达变化。该研究进一步探讨了这些脂质变化与ASD表型的直接关联。结合行为学、肠道炎症和解剖学等多种表型数据，研究团队发现了与ASD核心症状高度相关的脂质。通过生酮饮食对脂质组进行干预，发现了这些脂质变化能够通过膳食进行调节并影响ASD表型，提示它们可能作为潜在治疗靶点的潜力。该研究通过整合脂质组、单细胞转录组和微生物组等多组学技术，揭示了肠脑轴中脂质的作用机制，为未来以脂质为靶点的ASD治疗方案提供了新视角。特别是血清脂质的研究结果显示，其既与ASD表型密切相关，又具备通过外部膳食干预进行有效调控的潜力，这为ASD的辅助诊断和治疗监测提供了重要参考。该研究丰富了肠道干预对神经系统调控作用的理解，为深入探索肠道与神经系统的相互作用提供了新思路。中国科学院动物研究所赵方庆研究员为通讯作者，博士后于游（现为中国科学院微生物研究所助理研究员）和张冰为共同第一作者。该研究得到了国家自然科学基金和科技部重点研发计划项目的资助。论文链接：网页链接原文链接：网页链接

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