《ubMed检索系统》PPT课件.ppt

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1、PubMed 检索系统,PubMed是美国国立医学图书馆（NLM） 所属国家生物技术信息中心（NCBI） 开发的一个基于Web的生物医学文献检索系统，是NCBI检索体系Entrez的一个组成部分。1997年，NCBI在Entrez 集成检索系统上开发了基于互联网，并以MEDLINE数据库为核心内容的PubMed检索系统，并免费向全世界开放。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Pubmed,一、PubMed收录范围,PubMed收录的期刊约2万种，其中MEDLINE收录了包括全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的1900多万条文献记录（每周都在增长中），绝大部分可回

2、溯到1948年，部分早期文献可回溯至1865年。 PubMed的部分文献可直接获取全文，包括PubMed Central（PMC，收录期刊780余种）的文献，OA（Open Access）期刊的文献，以及部分出版商提供的免费期刊文献等2000余种。 PubMed每条记录都有唯一的识别号PMID（ PubMed Unique Identifier）。这些记录主要有四种形式：,一、PubMed收录范围 1 MEDLINE 是PubMed的主体，文献记录均使用美国国立医学图书馆的医学主题词表（MeSH）进行主题标引。 2 In-Process Citations 为加快报道速度， PubMed将

3、尚未标引MeSH主题词、文献类型的最新文献记录先存入临时库中，完成加工处理后再转入MEDLINE。 3 Publisher Supplied Citations 是由出版商直接提供的电子版文献。由于MEDLINE不收录非生物医学文献，出版商提供的非生物医学期刊记录的文献就停留在PubMed 临时库中。 4 OldMEDLINE 收录部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献记录。,PubMed主页,二、 PubMed主页简介,二、 PubMed主页简介,主页分检索区、主要功能区及辅助功能区三部分。 检索区：基本检索、高级检索和帮助。,主要功能区：使用介绍、 PubMed工具及更多

4、资源。,辅助功能区：指南、其他数据库、常用数据库、特色 数据库及相关信息,二、 PubMed主页简介,三、 PubMed主要特点,自动词语匹配（Automatic Term Mapping） 在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行自动词语匹配后再检索。右下角Search details可查看检索词转换情况。 1 主题词转换词表（MeSH Translation Table） 包括eSH 主题词、副主题词、款目词、一体化医学语言 系统（UMLS）。 例：common cold “common cold”eSH Term

5、s OR （“common”All Fields AND “cold”All Fields） OR “common cold” All Fields,三、 PubMed主要特点,2 期刊转换词表（Journal Translation Table） 收录 刊名全称、MEDLINE刊名缩写以及国际标准刊号 （ISSN）三种不同表达形式。 例： new england journal of medicine “N Engl J Med”Journal OR “new england journal of medicine” All Fields,3 短语词表（Phrase List） 如果在

6、上述两个词表中未找到匹配的词，系统则求助于短语词表。由MeSH 、一体化医学语言系统、化学物质名称、篇名和文摘中出现多次的短语组成。,三、 PubMed主要特点,4 著者索引（Author Index） 当一个短语在前三个表中都找不到匹配词，并且有1或 2个字母在词后时， PubMed 就会到著者索引中查找。 若在上述四个表或索引中仍未找到相匹配的词， PubMed 就将短语分开，用AND将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找，直到找到相应的词为止。 例：pressure point （“pressure”MeSH Terms OR “pressure”All Fields）

7、 AND pointAll Fields,三、 PubMed主要特点, 截词检索 用截词符“ * ”表示。 截词检索只限于单词，对词组无效。 例如：flavor* flavored ， flavorful ， flavoring等 短语检索 又称强制检索，即对检索词加上双引号（“ ”）， 把检索词作为一个整体检索，关闭自动词语匹配功能。 例：“single cell”,三、 PubMed主要特点, 布尔逻辑检索 布尔逻辑运算符必须大写 AND OR NOT 优先级为：（ ）NOTANDOR,三、 PubMed主要特点,三、 PubMed主要特点,限定检索 Pu

8、bMed在首次检索的基础上，可以根据检索需求实现二次检索界面的限定检索：包括文本呈现方式（摘要、免费全文、全文）、出版日期、物种（人或其他动物）、文献类型（临床实验、随机对照实验、综述、系统综述等）、语言和年龄等。,字段标识符及释义,AD Affiliation 第一著者单位、地址 ALL All Fields 所有字段 AU Author 著者 DP Publication Date 文献出版日期 EDAT Entrez Date 文献被PubMed收录日期 LA Language 语种 MAJR MeSH Majo

9、r Topic 主要MeSH主题词 MH MeSH Terms MeSH主题词,PT Publication Type 文献类型 RN EC/RN Number 酶代码/化学物质登记号 SB Subset PubMed数据库子集 SH MeSH Subheading MeSH副主题词 TA Journal Title 期刊全称、缩写或ISSN号 TI Title 文献的题名 TW Text Word 文本词 VI Volume 期刊的卷号,字段标识符及释义,录入格式：检索词 字段

10、标识符 布尔逻辑运算符 检索词 字段标识符 Asthma/therapy mh AND review pt Crick au AND 1999 dp Liver cancer AND Yale University ad,三、 PubMed主要特点,四、 PubMed检索方法,基本检索 ---------Basic Search 高级检索----------Advanced Search 主题词表数据库检索-------MeSH Database 期刊数据库检索--- ------Journals in NCBI Databases 引文匹配检索--- Citat

11、ion Matcher 临床问题查询----------Clinical Queries, 基本检索（Basic Search）,1. 直接输入检索词检索 vitamin c 、common cold “single cell” biotinmh “lung neoplasms”MeSH leukemia/therapy mh AND reviewpt AND childmh 可输入单词、短语或检索表达式，也可使用截词及双引号检索。 使用双引号检索，系统会自动关闭词汇转换功能，做为词组来检索。, 基本检索（Basic Search）, 基本检索（Basic Search）

12、, 基本检索（Basic Search）,2. 著者检索 姓（全称)+名 (缩写）+AU 例： Smith J AU Smith JG, Smith JR 姓（全称） 例：Smith 若限定某一作者, “作者”+AU 例：“Smith J” AU, 基本检索（Basic Search）,3.期刊名称检索,刊名全称 +ta molecular biology of the cell ta 刊名缩写+ta mol biol cellta 刊号+ISSN 1059-1524ISSN, 基本检索（Basic Search）, 高级检索（Advanced Search） 在PubMed主页单击“Ad

13、vanced”，进入高级检索。,,,, 高级检索（Advanced Search）, 高级检索（Advanced Search）,,可选择的限定条件,, 主题词表数据库检索（MeSH Database）,在主页上将PubMed改为 MeSH ，或单击主页 More Resources 下的MeSH Database，进入主题词表数据库检索。,例：检索癌的并发症或死亡率方面的文献（要求加权）。, 主题词表数据库检索（MeSH Database）,在Results下面，单击主题词“Neoplasms”，显示副主题词表（Subheadings)。, 主题词表数据库检索（MeSH Database）,

14、,选择副主题词“complications ”（并发症）和“mortality ”（死亡率），在“Restrict to MeSH Major Topic”选项前标记（加权检索），将检索式加入检索框（Add to search builder), 执行检索（search PubMed）。, 主题词表数据库检索（MeSH Database）,若检出结果数量太多，可进行限定检索。 系统默认对下位主题词进行扩检，如不需扩检，在“Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy ”选项前标记。, 主题词表数据

15、库检索（MeSH Database）,期刊数据库检索（Journals in NCBI Databases）,1 在基本检索状态下，输入刊名检索 2 在高级检索状态下，在“All Fields”中选择 “Journal”字段，输入刊名检索 3 进入 “Journals in NCBI Databases”检索,提供主题、刊名全称或缩写、ISSN等检索途径,期刊数据库检索（Journals in NCBI Databases）,期刊数据库检索（Journals in NCBI Databases）,例：检索PubMed收录了哪些针灸（Acupuncture)方面的期刊及中国针灸的详细信息,,

16、期刊数据库检索（Journals in NCBI Databases）,,显示NCBI收录的针灸期刊名录,期刊数据库检索（Journals in NCBI Databases）,,选择PubMed，链接到PubMed收录的中国针灸文献信息,期刊数据库检索（Journals in NCBI Databases）, 引文匹配检索 （Citation Matcher）,在PubMed主页的“PubMed Tools”栏单击“Single Citation Matcher”和“Batch Citation Matcher” 进入 引文匹配检索页面。 引文匹配检索是用不完整的题录信息线索来查找特定

17、记录的工具，当论文中的参考文献信息不完整时，可利用引文匹配器来核对补充信息。,Single Citation Matcher,检索项：刊名信息、出版年月、卷、期、起始页码、 著者、篇名中的任意词等。,Single Citation Matcher,允许省略以上一项或几项 刊名用全称或缩写均可 著者可以是第一或最后一个，按规范格式（smith js）输入 单篇引文匹配器可浏览到最新期刊的题录和文摘，如输入某刊名，当前卷数，当前期数，就可以检索到该刊最新一期上的文献了。,Single Citation Matcher,例：已知针灸和经络研究杂志上发表了一篇关于 桂枝茯苓丸的文章，检索

18、这篇文献的详细信息,,,Single Citation Matcher,Batch Citation Matcher,Batch Citation Matcher,多篇引文匹配器检索输入格式： 刊名年卷 起始页著者检索用户对文献的标识 检索结果是PMID号。 每次检索提问单独成行，刊名及著者姓名用MEDLINE标准缩写形式，文献标识可以是任意字符串，某选项可不填写，但“”不能省略，填写好邮箱地址，系统会将检索结果发送到邮箱里。进入邮箱，将PMID号粘贴到PubMed的检索提问框中进行检索，得到记录的详细信息。,临床问题查询（Clinical Queries ）,在PubMed主页的“PubM

19、ed Tools”栏单击“Clinical Queries ” 进入 临床文献检索页面。,临床问题查询（Clinical Queries ）,Clinical Queries是专为临床医生设置的检索服务 1 Clinical Study Categories 供查询疾病的治疗（therapy)、诊断(diagnosis)、病因(etiology)、预后(prognosis和预防(clinical prediction guides)五个方面内容的文献，同时还可选择倾向查全（Broad ）或是查准（Narrow） 。 2 Systematic Reviews 供检索疾病的系统评论、meta分

20、析、临床试验评论和循证医学等方面的文献。 3 Medical Genetics 医学遗传学，包括鉴别诊断、临床描述、分子遗传及基因检测等文献。,倾向查全 hypertension Therapy Broad,临床问题查询（Clinical Queries ）,倾向查准 hypertension Therapy Narrow,临床问题查询（Clinical Queries ）,五、 PubMed检索结果处理,1 检索结果显示设置,在检索结果显示页面，单击 ,对检索结果进行设置和修改。默认格式为“Summary”（题录格式）。,五、 PubMed检索结果处理,2 检索结果保存,

21、在检索结果显示页面，单击“Send to“， 系统显示7种保存方式。 File ：纯文本形式 Clipboard ：添加到临时粘贴板 Collections ：注册了My NCBI账号的用户，可保存到My 能 NCBI中，方便以后处理数据 E-mail ：发送到用户邮箱 Order ：提交全文订购，需要付费 My Bibliography ：以目录形式保存在My NCBI中 Citation manager ：引文管理器,五、 PubMed检索结果处理,3 检索结果的二次处理 在检索结果显示页面右侧，提供了对检索结果 进行二次处理的选项。 Results by year: 按年

22、度显示文献记录数 Related searches：显示可使用的相关检索词 PMC Images search for （检索词）：PMC关于检索词的图像搜索 Titles with your search terms：检索词出现在文献题目中的结果 free full-text articles in PubMed Central：检出文献在PubMed Central数据库中的免费全文 Find related data：选择NCBI中的其他数据库检索 Search details：显示检索策略 Recent activity：显示近期所做的检索操作,提示：

23、,在PubMed中检索中医药文献 检索中医词汇，利用PubMed自动词语匹配功能，查看相关主题词 检索中药词汇，用中药材的拉丁名在自动词语匹配中检索效果较好 检索方剂时，可直接使用方剂的汉语拼音名称检索，可使用方剂名的MeSH主题词检索 检索中医药治疗某种疾病时，一般用疾病名的主题词和中医药概念的主题词或自由词组配检索,六 检索举例,例1：检索2000年1 月至2014年9月用英文发表的有关肝癌治疗的综述文献。（高级检索） hepatoma ； therapy； review,六 检索举例,例2：检索贫血症药物疗法或饮食疗法方面的文献。 （主题词检索，要求加权） anemia； drug therapy ； diet therapy,