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耶鲁团队开发FFPE样本全转录组测序技术 在临床诊断中,福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织扮演着至关重要的角色。全球各地的临床病理科积累了大量的FFPE组织块,这些材料与详细的临床数据相结合,构成了宝贵的资源,但尚未充分利用。然而,FFPE样本带来了一些独特的挑战。在石蜡包埋过程中,样本中的RNA高度片段化,并且在室温储存条件下进一步降解。因此,对临床级FFPE样本中的RNA分子进行空间分析极为困难。 2024年9月30日,耶鲁大学的樊荣团队在Cell杂志上发表了一篇题为《Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues》的论文,报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术——Patho-DBiT。该平台利用FFPE样本中自然发生的RNA片段化,向广泛多样的RNA分子原位添加poly(A)尾,结合微流控条形码标记和算法创新,成功实现了对临床存档FFPE组织的全覆盖、逐碱基的空间全转录组测序。 Patho-DBiT通过对完整mRNA、缺失poly(A)尾的片段化mRNA、各类大/小非编码RNA、剪接异构体以及携带单核苷酸变异(SNV)的前体RNA进行空间条形码标记,精确解码了FFPE复杂组织中丰富的RNA生物学信息,包括单细胞级mRNA图谱、非编码RNA表达、可变剪接、遗传变异、microRNA调控及RNA动态变化等。 研究团队在不同组织类型和空间分辨率下对Patho-DBiT进行了充分验证。在小鼠脑冠状切片的分析中,Patho-DBiT在50微米的空间像素中平均检测到6786个基因和31063个独特分子标记(UMI)。聚类分析精确重构了大脑组织的解剖结构,其空间排列与Allen小鼠大脑图谱上相似切片的区域注释高度一致。此外,Patho-DBiT捕获了调控大脑重要功能的基因及其区域性剪接异构体的表达,其空间分布与一套独立的、通过长读长纳米孔测序获得的新鲜冷冻脑样本数据相吻合。在对室温下存放超过5年的T细胞淋巴瘤样本的分析中,Patho-DBiT精准揭示了淋巴瘤发生的基础生物学机制。其转录组捕获的准确性通过在相邻组织切片上使用CODEX技术进行的高重度免疫荧光空间细胞分型分析得到了验证。
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大学学习心得 | 专著出版的优势在哪里? 在大学里,学术专著的出版是一个备受推崇的成就。每本正规的学术专著都包含两个重要的部分:书号和CIP数据。书号,也就是ISBN,是书的封底上的条形码和一串数字,由新闻出版总署分配给各个出版社。而CIP数据则通常出现在书的第二页。这两个部分是正规学术专著的必备要素。 说到评职称,很多老师首先想到的是发表论文。虽然发表论文是常规操作,但只要我们多加留意,就会发现现在论文发表的难度越来越大。无论是普刊还是核心期刊,论文发表的要求高、审稿严谨、准入标准高,再加上很多单位的要求也越来越高,总之就是一个字:难! 除了论文发表,评职称还可以选择课题、专利、专著等方式。今天我们要说的是——出版专著。为什么越来越多的人在评职称时选择出版专著呢?以下是一些主要原因: 内容丰富,篇幅较长 学术专著通常篇幅较长,内容广博,给人一种厚重的感觉。它们不仅论述系统,观点成熟,还专门针对某个问题或理论进行深入探讨。 专业性强,关注前沿 学术专著通常关注学科前沿,引领创新。它们是对本学科领域突破性研究成果的展现,也是教学、科研以及专业建设能力的有力彰显。 教学与科研的结合 밟스𘀩詫水平的学术专著不仅是教学改革、教材建设、人才培养和课题项目的成果展现,还能对教育和社会发展做出较大贡献,从而在本学科领域打造一定的知名度。 个人品牌的建设 出版学术专著也是个人品牌建设的重要途径。它不仅能提升个人的学术影响力,还能为个人带来更多的机会和资源。 总的来说,学术专著的出版是一个综合性的成就,不仅体现了作者的学术水平,还能为作者带来更多的机会和资源。如果你有机会,不妨考虑一下出版一本学术专著吧!
谷歌学术探秘 谷歌学术,一个全球领先的学术文献搜索平台,以其全面的文献收录和便捷的文献访问功能而闻名。 通过它,你可以轻松找到各种学术文献,并查看文献来源和引用信息。 更棒的是,你还可以免费下载部分外文文献,为学术研究提供极大的便利。 那么,什么是DOI呢?DOI,全称“digital object identifier”,即“数字对象唯一标识”。𗠤𝠥碌妊它想象成“互联网上的条形码”或“科技论文的身份证”。通过这个唯一的标识符,我们可以轻松地链接到论文全文,确保信息的准确性和可靠性。 ᠦ 论是进行学术研究,还是准备论文写作,谷歌学术都是一个不可或缺的工具。快来探索这个强大的学术资源吧!
英语四级考试内容及备考全攻略 写作部分(106.5分) 四级作文常见类型包括信件、议论文、申请信、介绍某地或节日、投诉信、书面通知、建议信、求助信、感谢信和演讲稿等。备考时,可以参考一些作文模板和万能句式,网上有很多相关的pdf文件可供下载。 砥쥊部分(248.5分) 听力题型分为短篇新闻、长对话和篇章。短篇新闻有3段,共7题,每题7.1分;长对话有2段,共8题,每题7.1分;篇章有1段,共10题,每题14.2分。备考时,可以多听一些往年的真题,熟悉各种题型。 阅读部分(248.5分) 阅读题型包括选词填空、长篇阅读和仔细阅读。选词填空有26~35题,每题3.5分;长篇阅读有36~45题,每题7.1分;仔细阅读有46~55题,每题14.2分。备考时,可以参考一些真题集,如《星火》和《四级真题逐句精解》。 ⚠️ 翻译部分 翻译内容通常与社会热点、经济发展和中国传统历史文化相关。如果遇到难翻译的单词,可以用简单的单词代替,不要空题。 ⭕ 考试流程 8:40 考生入场,出示三证,自带听力耳机。 9:00 下发试卷,检查试题、条形码和答题卡是否完整。 9:10 考试正式开始,作文在试题册背面,使用黑色签字笔作答。 9:40 听力考试开始,四级听力题型没有题干,每道题只放一遍,因此要先读题并划重点。
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2024年Q1生信领域亮点速览 大家好!今天给大家带来的是2024年第一季度biorxiv上的一些精彩生信文章速览,对于我们这些科研小伙伴来说,简直是宝藏级别的存在! 首先,arXiv推出了新功能,为LaTeX提交的论文生成HTML版本,这对于视力障碍的科研人员来说,无疑是一大福音,也让我们看到了科学界对于无障碍化的努力。 接下来是biorxiv的AI辅助阅读功能,这个功能可以帮助我们更快地获取文章的核心内容,无论是大众还是专家,都能找到适合自己的阅读模式。 当然,重头戏还是那些让人眼前一亮的科研文章,比如: t-SNE和UMAP在单细胞测序数据分析中的争议:这个话题在社交媒体上已经引发了热烈讨论,你站哪边呢? AlphaFind:这个基于结构的快速检索引擎,可以全面检索AlphaFold DB中的蛋白质结构,对于结构生物学家来说,这可是个大杀器!劄ata Citation Explorer:这个自动化服务可以促进基因组数据与文献的关联,大大提高了研究效率。 诺奖得主Doudna的新发现:基于病毒组学的蛋白质全新折叠模式,这可能会开启蛋白质研究的新篇章! 泛基因组的基因图分析新工具:为我们提供了探索基因内容的新视角。슧픦术的新突破:一次测序中跑10万个条形码,这对于生物多样性的研究来说,意义重大。 近缘物种间的表型差异与基因组3D结构变异关系的研究:为我们理解物种演化提供了新的线索。NCODE数据库的新资源:构建人类增强子-基因调控网络,这对于疾病研究和治疗有着深远的影响。𒊎CBI的真核生物比较基因组可视化工具CGV:让基因组比较分析更加直观。 非洲生物基因组研究的新模式:这不仅是科研的进步,也是对非洲科研人才培养的重要一步。 这些文章和工具,无疑将对我们的科研工作产生深远的影响,让我们一起期待它们带来的更多惊喜吧!
NUS图书馆借阅与试卷查找全攻略 Halo,NUS的小伙伴们好呀!今天给大家带来一份超实用的图书馆借阅和试卷查找指南,满满干货,快来看看吧! 图书馆借阅指南: 修改密码:首先,确保你的Library account(MYLINC)密码是最新的。这样在借阅时,只需刷学生卡并输入PIN即可。 RBR书籍:有些教授会在开学时通知图书管理员将教材放在RBR区域。这些书籍最多只能借2小时,超过时间每小时会收取1新币的罚金。建议可以在闭馆前2小时内借阅,然后隔夜归还,这样就不会产生额外费用啦。 其他书籍:通过LINC系统搜索书籍的位置和状态,然后根据提示进行借阅。 借阅方式:当书籍状态为available时,可以直接在self-service kiosk处借阅(刷学生卡并输入PIN)。 延长还书时间:学生有三次延长借书时间的机会,每次延长时间与原借书时间相同。登录LINC系统进行延长。如果超时且没有延长,书籍会收取罚金。Journal和RBR书籍不能延长。 Request请求:如果书籍正在被他人借阅,或者某些老书籍被存放起来,可以提交request请求,之后再去取书。 还书流程:找到bookdrops,有些需要扫描书上的条形码,然后温柔地放入即可。不同图书馆的借书可以归还到不同图书馆的Book drops。RBR、CD rom、录像带、缩微文件和论文的硬拷贝等应归还给所借阅的图书馆的借阅台。 注意事项:丢失书籍会收取罚金,除了数据本身的价格外,还有额外25新币的行政费。RBR书籍的罚金更高,每本50新币。频繁延迟归还或丢失RBR材料可能会暂停借用RBR材料两个月。 试卷查找指南: 图书馆数据库中的试卷由学院提供,有些学院没有提供,所以可能搜不到。如果换了授课导师,之前的试卷参考性也不大。大家可以酌情参考,并且试卷没有提供答案,如果有疑问可以去咨询教授。 ᠤ𛊥䩧分享就到这里啦,还有什么想知道的都可以留言哦!
出版物的多样性:从文字到视频 出版物不仅是传播知识、信息和文化的重要载体,其内容形式也非常丰富。以下是一些主要的出版物类型和它们包含的内容: 文字内容 图书:包括专业学术著作、研究报告、教材教辅、文学作品(如小说、散文、诗歌等)、传记、历史文献、艺术画册、工具书(如词典、手册、百科全书等)等。 期刊:学术期刊发表科研论文、综述、评论等,行业杂志提供专业资讯、专题报道、案例分析等,大众消费类杂志则包括娱乐、时尚、旅行、生活指南等。 报纸:日报、周报、晚报等,报道新闻时事、社会动态、经济信息、评论专栏、特稿等。 图像内容 𘊦图、图表、照片、漫画、地图、设计图、艺术品复制品等,用于直观展示数据、解释概念、增强视觉效果或作为独立的艺术作品。 符号 ⊥ 括数学公式、化学方程式、统计图表中的各种符号、图标、标识等,用以精确传达科学和技术信息。 音频内容 犩制品中的音乐、演讲、访谈、朗读、戏剧表演、教学讲解、语言学习资料等。 视频内容 劥熥磀纪录片、教育课程、动画、演示视频、讲座录像等,以动态影像形式呈现内容。 代码 𛊥訮᧮机编程、电子工程、信息技术相关的出版物中,可能包含源代码、示例代码、算法描述等。 互动元素 襤媒体出版物和电子出版物中,可能包含超链接、交互式图表、动画、虚拟现实/增强现实体验、可下载资源等,允许用户进行动态探索和交互。 其他附加内容 底封信息:如版权信息、出版社名称、出版日期、印刷信息、条形码、ISBN/ISSN号、定价等。 目录页:列出图书或期刊中的章节标题、文章标题、作者、页码等,便于读者快速查找内容。 索引:按照关键词、人名、主题等编制的检索工具,帮助读者定位特定信息。 参考文献列表:在学术出版物中提供引用来源,确保信息的可追溯性和学术诚信。 附录、注释、参考数据、实验方法、工具箱、词汇表等补充材料,为读者提供更深入的学习或研究支持。 随着技术的发展,出版物的形式和内容也在不断扩展和创新。如在线数据库、数字图书馆、博客、社交媒体帖子、网络直播等新型数字出版物也包含在现代出版物的范畴之内。这些内容可以独立存在,也可以结合多种媒体形式,形成多媒体、跨平台的复合出版物。
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